La prima qualifica stagionale del Wec non è stata esente da problemi. Subito una bandiera rossa, causata dall'improvviso stop della BR1 Dallara pilotata da Sarrazin, che ha deciso di piantarsi sul rettilineo di Kemmel. Inconveniente seguito da un grave incidente di Pietro Fittipaldi, finito contro le barriere dopo aver perso il controllo della sua BR1 mentre affrontava la Raidillon alle 15.52. Il pilota del team DragonSpeed è stato immediatamente trasportato al centro medico poi all'ospedale di Liegi: non è in pericolo di vita ma ha rimediato delle fratture alle gambe.

Ripresa la sessione, dopo oltre mezz'ora di stop, la Toyota ha centrato la pole assoluta, con Kobayashi che ha fermato il cronometro in 1:54.583 al volante della TS050 Hybrid numero 7, condivisa con Lopez e Conway. Secondo tempo per la vettura gemella di Alonso, Nuemi e Nakajima, staccata di 379 millesimi. Mala sorprese non sono finite e quattro ore dopo il termine della sessione, la direzione gara ha penalizzato la Toyota numero 7: i commissari tecnici hanno riscontrato una irregolarità del numero di identificazione del flussometro, sanzionando l'equipaggio che in gara parte dalla pit-lane, consegnando la pole ai colleghi. 

Viene dunque promossa in prima fila la Rebellion Racing di Jani, Lotterer e Senna, a precedere i compagni di squadra Beche, Laurent e Menezes: entrambe hanno pagato un non trascurabile distacco dalla Toyota di Kobayashi, rispettivamente di 1,8 e 2,4 secondi. In Lmp2 Lapierre, Thiriet e Negrao regalano la pole di categoria al team Signetech Alpine con un crono di 2:02.991.

In GTE-Pro è stato monologo Ford, con la GT numero 67 che centra il miglior tempo con  precedendo la vettura gemella, scendendo entrambe sotto il 2'13, uniche della categoria. Seguono le due Porsche RSR di Lietz-Bruni e Christnsen-Estre. Solo sesta la prima delle Ferrari, pilotata dai campioni in carica Calado e Pier Guidi, anticipata dalla Bmw M6 di di Da Costa e Blomqvist. Infine la GTE-Am  parte dalla pole la Porsche RSR di Campbell-Ried, davanti alla Aston Martin di DallaLana-Lamy.